El esquema organizativo (organigrama) de la municipalidad de Alajuelita es
1- Concejo Municipal (secretaria del concejo y Auditoria)
2- Alcaldía (Recursos humanos, planificación, asesoría legal, prensa y comunicación, TI, Cooperación internacional e institucional)

Las principales dependencias de la municipalidad y sus funciones.
3- Gestión administrativa
4- Gestión tributaria
5- Gestión Ambiental y servicios
6- Desarrollo económico local
7- Desarrollo control urbano
8- Infraestructura y servicios
9- seguridad ciudadana

Las relaciones funcionales interdependenciales son:
Gestión administrativa (tesorería, contabilidad, presupuesto, proveeduría, mantenimiento, archivo, trasporte).
Gestión tributaria (patentes, cobros, bienes inmuebles, catastro y valoración, inspección).
Gestión Ambiental y servicios (residuos solidos, cementerio, aseo de vías, parque y ornato).
Desarrollo económico local (emprendimiento, integración laboral, social).
Desarrollo control urbano (inspección, planificación urbana ).
Infraestructura y servicios (calles y caminos, UTGVM ).
Seguridad ciudadana (comunitario, municipal, tecnología)
Profe a pesar que la municipalidad tiene muchas interdependencias, algunas de ellas son unipersonales y no dan abasto para las necesidades que requiere el cantón porque solo una persona eta a cargo de variadas necesidades. Eso hace que se tenga deficiencia administrativas en el gobierno local.